选择适当的发育阶段的斑马鱼胚胎或幼鱼。通常，血管成像可以在受精后几天的胚胎中进行。使用特定的荧光染料或生物标记物对血管进行染色。例如，可以使用荧光素标记的凝集素（如FITC-凝集素）来标记血管内皮细胞。在进行成像前，可能需要对斑马鱼进行短暂的麻醉，以防止其在成像过程中移动。将斑马鱼固定在适当的位置，以便于观察和成像。可以使用琼脂或特殊的固定装置来固定样本。准备质量分数为 0.8% 的低熔点琼脂糖 5 mL，放入水浴锅中加热直到溶解，在室温下冷却，接着把麻醉的斑马鱼放入未凝结的琼脂糖中，使用透明的玻璃管把斑马鱼吸入直至琼脂糖凝固。最后，把凝固后的斑马鱼从玻璃棒中推出放置在共聚焦小皿上（固定在凝胶中方便调整斑马鱼的位置以便激光可以照亮斑马鱼后脑区域）。选择合适的成像技术，如共聚焦显微镜、双光子显微镜或光片显微镜，这些技术可以提供高分辨率的三维图像。使用共聚焦激光扫描显微镜拍摄斑马鱼脑部血管图像。根据所选的成像技术，设置适当的参数，如激光功率、探测器增益、成像深度和视野，进行成像并收集数据。可能需要采集多个层面的图像以重建三维结构。使用图像分析软件处理和分析收集到的图像。可以进行图像的堆叠、重建和量化分析。
